Происхождение жизни на Скьяфосе теряется в туманном мире мифологии. По имеющимся историческим свидетельствам, первые жители острова были Пеласги, которые сопровождались Критянами, Фессалийцами (в Микенский период) и Халкидианами. Геродот упоминает Скьяфос, как единственный остров Северных Спорад, который принимал участие в войнах с персами.

На рифе под названием Мирминх или Лефтерис, где сужается морской пролив между западным побережьем Скьяфоса и восточным побережьем Пелиона , можно увидеть остатки каменной колонны. Было высказано предположение, что это может быть памятник, поставленный персами в честь соединения между тремя греческими кораблями и десять своих собственных. Другая школа мысли утверждает, что это был своего рода маяк, возможно, даже маяк, построенный экспедиционным корпусом Ксеркса. Если вторая теория верна, она делает это старейшим маяком в мире, так как он предшествует Фаросу в Александрии примерно на двести лет.

В 476 г. до н.э. Кимон зачислил Скьяфос в первую Афинскую Конфедерацию. В 403 г. до н.э. Скьяфос попал во владение к спартанцам, и был отбит афинянами в 394 г. до н.э. и был приведён во второй раз в состав Афинской Конфедерации.

В целом ,остров, кажется, имел дружеские отношения с Афинами, потому что потом, в 4-м веке мы находим упоминается о том, как один из Афинских моряков, в одном из морских сообщений, предупреждал о наступлении Филиппа II в Македонии. В конечном счете, однако, остров был во владении Македонцами, а затем, в середине 2 века до н.э. он был захвачен римлянами и находился под Септимиус Севера. В Византийской империи (330-1207 н.э.) Скьяфос был оставлен томиться в нищете. Маленький, отдаленный остров. Мы можем сказать, что христианство укоренилось и процветает там, однако, только потому ,что был в видении Епископа, ещё в начале 4-го века.

В 1207 году Скьяфос разделил судьбу остальных островов Северных Спорад и попал во владение венецианской семьи Гизи, чье правление продолжалось до 1276. Именно тогда он был отвоёван Византией и остался в Византийской империи до падения Константинополя в 1453 году. В этот период он сильно пострадал от пиратских набегов, которые в конечном итоге (в середине 14-го века) заставили жителей покинуть старый город и построить новый, теперь известный как Кастро, на крутом скалистом мысе, с северной стороны острова. Остатки этого средневекового города все еще видны сегодня: улицы, дома и церкви, все в руинах. Но 17-го века церковь Рождества Христова все еще находится в хорошем состоянии и имеет ряд древних икон.

После падения Константинополя остров находился под властью венецианцев до 1538 года, после он был разграблен Чайредином Барбаросса и приведён к Османской империи.

На протяжении веков рабства и побега от войны, последовали кульминационные события 1821 года, когда началась война за независимость, где народ Скьяфоса оказывал большие услуги, и служил прибежищем борцам за свободу.

Здесь получали убежище бойцы за свободу от турецких угнетателей, морские греческие капитаны (среди них Влаханас, Никотсараз, Стафас и Тзелиос) использовали остров как базу. С освобождением, Северные Спорады были официально включены в состав независимого греческого государства в 1830 году, в соответствии с условиями, жители смогли уйти из Кастро, восстановить город на своем первоначальном месте, и обосноваться там, где он и находится в настоящее время.

В последние годы Скьяфос превратился в международный туристический курорт, но он не потерял своего старого очарования и ослепительной белизны. До сих пор, он был жемчужиной островов, расположенным в аквамариновом море, на виду далеко восходящих гор Пелион. В заколдованном уголке Греции, с дымчатыми оливковыми деревьями, соснами, амарантом и тимьяном. Микромир величия природы, со склонами усеянными монастырями и часовенками - очевидными символами богобоязненного благочестия островитян с высоко духовными чувствами.